菌落总数的定义是水样在营养琼脂上有氧条件下37℃培养48h后,所得1mL水样所含菌落的总数。细菌总数是用来评价水质污染程度的一个重要卫生指标，其检测值越高，则说明水质被污染程度越高。
以下是水质中菌落总数的检测方法--平皿计数法
1.仪器与试剂
高压蒸汽灭菌锅、培养箱、超净工作台、培养基（营养琼脂）
2.操作步骤
(1)把所有待用品（1ml刻度吸管、平皿、三角瓶、培养基、生理盐水等）包扎好，放入高压蒸汽灭菌锅内，经103.43kPa(121℃,15lb)灭菌20min。
(2)灭菌完毕后，通过传送窗口，把所用品放置于无菌室的超净工作台上，平摊开来。（无菌室需提前开启紫外灯进行灭菌1h，关闭紫外灯后至少1h后方可进入）
(3)在平皿底部做好样品标识。
(4)在超净工作台上，酒精灯旁，用1ml的刻度吸管吸取1ml的试样，注入至装有9ml生理盐水的试管中，混匀成1:10稀释液。同理，用另外一支1ml刻度吸管吸取1:10稀释液1ml，注入至装有9ml生理盐水的试管中，混匀，此溶液变成1:100稀释液。
(5)分别用3支干净的1ml刻度吸管移取原试样、1:10稀释液、1:100稀释液1ml于平皿内。（每个稀释梯度都做至少一个平行样）
(6)移取15ml45℃左右的培养基注入至平皿中，并立即左右平旋平皿，使得试样与培养基充分混匀。同时，做一组空白对照（未加试样，只有培养基）
(7)待培养基凝固后，翻转平皿，使得带有标识的底面向上，放置于36℃±1℃的培养箱内连续培养48h。
(8)培养48h后，记录个平皿中的菌落数，求出同稀释度的平均菌落数。必要时可用放大镜检查，以防遗漏。
(9)实测值得报告方法
①平均菌落数在30~300间的,若只有一个稀释度的平均菌落数符合此范围时,则将该菌落数乘以稀释倍数报告之。
②若有两个稀释度,其生长的菌落数均在30~300之间,则视二者之比值来决定,若其比值小于2应报告两者的平均数。若大于2则报告其中稀释度较小的菌落总数。若等于2亦报告其中稀释度较小的菌落数。
③若所有稀释度的平均菌落数均大于300,则应按稀释度高的平均菌落数乘以稀释倍数报告之。
④若所有稀释度的平均菌落数均小于30,则应以按稀释度低的平均菌落数乘以稀释倍数报告之。
⑤若所有稀释度的平均菌落数均不在30~300之间,则应以Zui接近30或300的平均菌落数乘以稀释倍数报告之。
⑥若所有稀释度的平板上均无菌落生长,则以未检出报告之。
⑦如果所有平板上都菌落密布,不要用“多不可计”报告,而应在稀释度大的平板上,任意数其中2个平板1cm2中的菌落数,除2求出每平方厘米内平均菌落数,乘以皿底面积63.6cm2,再乘其稀释倍数作报告。
⑧菌落计数的报告:菌落数在100以内时按实有数报告,大于100时,采用两位有效数字,在两位有效数字后面的数值,以四舍五入方法计算,为了缩短数字后面的零数也可用10的指数来表示。